Empfindliche, feingliedrige Pflanzen werden von den großen Kois in kurzer Zeit gefressen. Für den Koiteich kommen deshalb nur robuste Arten in Betracht. Bewährt haben sich vor allem größere Seerosen.

Da eine Sumpfzone im Koiteich problematisch ist haben viele Teichbesitzer eine andere Lösung gewählt: 

Neben dem eigentlichen Teich befindet sich (für die Kois unzugänglich) ein mit Sumpfpflanzen besetzter Kanal, durch den das Teichwasser mit einer Pumpe geleitet wird. Dieser sogenannte Pflanzenfilter ersetzt den Nitratabbau durch die Unterwasserpflanzen sowie die Sumpfzone, jedoch nicht die Teichfilterung mit dem biologisch wirksamen Teichfilter (z.B. sera Teichfilter P 900 oder W 1600).